Регистрацией судов в России занимаются исключительно государственные структуры. В зависимости от типа судна она осуществляется в Государственном судовом, в бербоут-чартерном и Российском международном реестрах судов, либо в судовой книге. Порядок регистрации также различен. Так, например, маломерные суда регистрируются государственными инспекциями по маломерным судам (ГИМС).

Одной из проблем, долго мешавших развиваться российскому коммерческому флоту, была недостаточная проработанность законов в области регистрации судов, и, как следствие, очевидная невыгодность плавания под российским флагом. Сейчас проблема в значительной мере решена, однако регистрация в странах «удобного флага» по-прежнему чрезвычайно распространена. При этом есть оффшорные юрисдикции, в которых судно регистрируется под собственным флагом (например, Белиз), другие же находятся под протекторатом (например, Бермудские острова). И там, и там существуют свои несомненные преимущества и недостатки.

Классификация морских судов – это присвоение кораблям определенного разряда (класса Регистра) в зависимости от назначения и конструктивных особенностей. Проверкой соответствия разряду, а также его изменением, занимаются органы технического надзора. В разных случаях это могут быть разные учреждения. Например, классификация маломерных судов, занимающихся рыбным промыслом, а также судов некоторых других классов находится в ведении Государственного комитета Российской Федерации по рыболовству.